Facturer en auto-entrepreneur n’a jamais été aussi encadré : mentions obligatoires, numérotation chronologique, mention de franchise en base de TVA, et désormais la facturation électronique qui arrive à grands pas. Un tableur ne suffit plus — et un logiciel dédié coûte de 0 à 15 € par mois, autant dire que l’excuse budgétaire ne tient pas.
Le problème, c’est que les comparatifs en ligne recyclent des classements périmés (certains recommandent encore des outils disparus du marché) et des tarifs qui ne correspondent plus aux grilles officielles. Nous avons donc refait l’exercice sérieusement : cinq logiciels comparés, tarifs vérifiés le 7 juillet 2026 sur les sites officiels, et un gagnant assumé — Abby, devant Shine Facture pour le gratuit pur et Indy si vous visez la société à terme — plutôt qu’un énième « ils sont tous formidables ».
Le comparatif en 30 secondes
Notre choix n°1 : Abby, l’outil de gestion micro-entreprise le plus complet (facturation illimitée gratuite + télédéclaration URSSAF dès 9 € HT/mois). Le meilleur gratuit pur : Shine Facture. Le meilleur si vous visez la société à terme : Indy.
| Logiciel | Prix d’appel | Facturation gratuite | Déclaration URSSAF | Facturation électronique | Idéal pour |
|---|---|---|---|---|---|
| Abby | 0 € (Start 9 € HT) | ✅ Illimitée | ✅ Télédéclarée dès Start | ✅ Plateforme Agréée | La gestion micro complète |
| Shine Facture | 0 € (Start 9 € HT) | ✅ Illimitée (5 clients) | ❌ | ✅ Plateforme Agréée | Facturer gratuitement, simplement |
| Indy | 0 € (Premium 15 € HT) | ✅ Illimitée | ✅ Premium | ✅ Plateforme Agréée | Micro qui deviendra société |
| Freebe | 12,50 € HT/mois | ❌ (essai 30 j) | Assistance | À vérifier selon l’offre | Freelances orientés missions |
| Henrri | 0 € | ✅ Illimitée | ❌ | ✅ via la PA Pennylane | Le 100 % gratuit sans compte bancaire |
Freebe et Henrri ne sont pas nos partenaires : ils figurent ici parce qu’un comparatif qui n’examine que ses annonceurs ne vaut rien.
Comment nous avons choisi : les 4 critères qui comptent vraiment
1. La conformité des factures
Une facture d’auto-entrepreneur doit comporter les mentions listées par service-public.gouv.fr : identité et SIREN, numérotation unique et chronologique, date, désignation précise des prestations, totaux, conditions de paiement avec pénalités de retard et indemnité forfaitaire de recouvrement de 40 €. Et si vous êtes en franchise en base de TVA — le cas de la majorité des micro-entrepreneurs — la mention « TVA non applicable, art. 293 B du CGI » est obligatoire. Un bon logiciel pré-remplit tout cela automatiquement ; les cinq outils de ce comparatif le font.
2. La facturation électronique 2026
Le calendrier officiel (impots.gouv.fr) impose à toutes les entreprises assujetties à la TVA — micro-entrepreneurs compris — de pouvoir recevoir des factures électroniques au 1er septembre 2026, puis d’en émettre au 1er septembre 2027 pour les TPE/PME. Concrètement : choisir aujourd’hui un logiciel qui n’est pas raccordé à une Plateforme Agréée (PA), c’est devoir en changer dans un an. Abby, Shine et Indy sont immatriculés PA ; Henrri passe par la PA de Pennylane. Pour savoir précisément ce qui vous attend et quoi faire avant l’échéance, notre point complet sur ce qui change au 1er septembre 2026.
3. Facturation seule ou gestion complète ?
C’est la vraie ligne de partage du marché. Certains outils font des factures, point (Shine Facture, Henrri). D’autres ajoutent le livre des recettes, les alertes de seuils et la télédéclaration URSSAF (Abby, Indy en plan payant). Si vous détestez la paperasse déclarative, le second camp vaut ses 9-15 € mensuels.
4. Le vrai prix
Tous ces outils pratiquent le freemium : le gratuit existe, mais les fonctions de confort (relances d’impayés, encaissement CB, conversion devis→facture) sont payantes. Nous indiquons ce que chaque gratuit contient réellement — les prix ci-dessous sont HT/mois en engagement annuel, vérifiés le 7 juillet 2026.
1. Abby — le meilleur logiciel de facturation pour auto-entrepreneur
Abby est un logiciel français lancé en 2020, qui revendique plus de 100 000 utilisateurs et s’est construit exclusivement autour de la micro-entreprise avant d’élargir son périmètre. C’est ce qui le place en tête : là où les autres facturent, Abby gère le statut de bout en bout.
Le plan Basique (0 €) couvre les factures et devis illimités, le livre des recettes automatique, l’estimation des cotisations et les alertes de seuils de TVA — un vrai gratuit, utilisable durablement. Le plan Start (9 € HT/mois) ajoute la télédéclaration URSSAF en tant que partenaire officiel : Abby calcule vos cotisations depuis votre chiffre encaissé, vous validez, il déclare. Le plan Pro (15 € HT/mois) ajoute relances d’impayés, synchronisation bancaire et signature électronique. Des promotions fréquentes (–35 % constaté en juillet 2026) réduisent encore la facture, et tous les plans payants s’essaient 14 jours gratuitement.
Côté conformité, Abby est immatriculée Plateforme Agréée par l’État et génère nativement des factures au format Factur-X, gratuit compris. Les notes utilisateurs sont solides : 4,5/5 sur Trustpilot, 4,9/5 sur Google.
Les limites : pas de compte professionnel intégré (voir notre comparatif des meilleurs comptes pro en ligne pour compléter), un support parfois lent, et un périmètre pensé micro — si vous basculez en société, l’outil atteint ses bornes. Notre avis complet sur Abby détaille chaque plan.
2. Shine Facture — le meilleur gratuit pur
Shine Facture est l’outil de facturation de Shine (groupe Cegid depuis novembre 2025), disponible en version autonome : pas besoin d’ouvrir un compte pro Shine pour l’utiliser. Son plan Free est le gratuit le plus généreux du marché sur l’essentiel : factures et devis illimités, mentions légales pré-remplies, et surtout la facturation électronique — émission et réception — incluse sans surcoût via son statut de Plateforme Agréée DGFiP.
La contrepartie est claire : la base clients est plafonnée à 5 en Free, la conversion devis→facture et la personnalisation des documents demandent le plan Start (9 € HT/mois), et les relances automatiques d’impayés le plan Plus (20 € HT/mois). Et Shine Facture ne fait que facturer : pas de livre des recettes, pas de déclaration URSSAF.
C’est donc l’outil parfait pour un freelance qui travaille avec 2-3 clients récurrents et veut être conforme 2026 sans dépenser un euro — et un outil vite étroit pour une activité à clientèle nombreuse. Nous l’avons testé en détail dans notre avis Shine Facture, et son grand frère bancaire dans notre test du compte pro Shine.
3. Indy — le meilleur choix si votre micro deviendra une société
Indy joue dans une autre catégorie : c’est un logiciel de comptabilité complet (plus de 350 000 utilisateurs, 4,8/5 sur plus de 14 000 avis Trustpilot) dont la facturation n’est qu’une brique. Son plan Essentiel gratuit inclut la facturation illimitée, la facturation électronique (statut Plateforme Agréée DGFiP, formats Factur-X, UBL, CII) et — c’est unique dans ce comparatif — un compte pro intégré sans frais avec IBAN français et carte Mastercard.
Pour un auto-entrepreneur, le plan Premium à 15 € HT/mois automatise et télétransmet les déclarations URSSAF et suit les seuils de TVA. Mais l’argument décisif est ailleurs : le jour où votre activité bascule en société, Indy suit — déclaration 2035, liasse fiscale, TVA — sans changer d’outil ni réimporter votre historique. Aucun autre logiciel de cette sélection ne le permet.
Les limites : le compte pro reste un compte de paiement basique (pas de découvert ni de dépôt d’espèces), et le support téléphonique est réservé au Premium. Notre avis complet sur Indy documente le reste, et notre comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité pour indépendant le situe face à ses concurrents directs.
4. Freebe — pour les freelances orientés gestion de missions
Freebe n’est pas notre partenaire, mais mérite sa place : ce logiciel français s’est taillé une vraie réputation chez les freelances du digital. Son angle n’est pas le prix — pas de plan gratuit, l’offre micro-entreprise démarre à 12,50 € HT/mois (150 € TTC/an), avec 30 jours d’essai sans carte bancaire — mais le confort : facturation illimitée, CRM de missions, synchronisation avec plus de 450 banques, livre des recettes automatique.
C’est un choix pertinent si vous vivez de missions clients enchaînées et voulez un outil qui suit devis, relances et temps facturé au même endroit. C’en est un moins bon si votre seul besoin est d’émettre trois factures par mois : le gratuit d’Abby ou de Shine Facture fait l’affaire. Vérifiez aussi le raccordement e-facturation proposé sur votre plan au moment de souscrire, l’offre évoluant avec la réforme.
5. Henrri — le gratuit historique, sans écosystème bancaire
Henrri est l’autre non-partenaire de ce comparatif, et le doyen des gratuits français : sa formule de base est 100 % gratuite et illimitée — factures, devis, avoirs, relances, suivi des paiements, export comptable — avec l’émission et la réception de factures électroniques offertes via la Plateforme Agréée de Pennylane (dont nous avons analysé l’écosystème dans notre avis Pennylane). Des formules payantes (Pro, Expert, VIP) financent le modèle pour les besoins avancés.
Ses atouts : aucune limite de volume ni de clients en gratuit, là où Shine Facture plafonne à 5 clients. Ses faiblesses : une interface plus datée que ses concurrents, pas de volet URSSAF, et un modèle freemium dont les tarifs payants sont peu lisibles. Une alternative sérieuse malgré tout, que nous détaillons dans notre panorama des logiciels de facturation gratuits.
Quel logiciel de facturation choisir selon votre profil ?
- Vous voulez tout automatiser, déclaration URSSAF comprise → Abby (Start à 9 € HT/mois), le meilleur rapport couverture/prix pour une micro qui tourne.
- Vous facturez peu de clients et voulez du 100 % gratuit conforme 2026 → Shine Facture (Free, 5 clients max) ou Henrri (sans limite de clients) si votre base est plus large.
- Votre activité peut évoluer vers une société → Indy, seul outil du comparatif qui suivra le changement de statut, avec compte pro gratuit en bonus.
- Vous êtes freelance orienté missions et clients récurrents → Freebe, si le confort de gestion vaut 12,50 € HT/mois à vos yeux.
Un dernier conseil transverse : quel que soit l’outil, activez les relances automatiques dès que votre plan le permet. Les retards de règlement restent le premier poison de trésorerie des indépendants, comme nous le documentions dans notre article sur les délais de paiement entre entreprises.
FAQ : logiciel de facturation et auto-entreprise
Un logiciel de facturation est-il obligatoire pour un auto-entrepreneur ?
Non, aucun texte n’impose un logiciel : une facture conforme peut être produite autrement, tant qu’elle comporte les mentions obligatoires (numérotation chronologique, SIREN, mention « TVA non applicable, art. 293 B du CGI » en franchise de TVA…). En revanche, la facturation électronique impose de pouvoir recevoir des e-factures dès le 1er septembre 2026 et d’en émettre via une Plateforme Agréée au 1er septembre 2027 — en pratique, un logiciel raccordé à une PA deviendra incontournable.
Quel est le meilleur logiciel de facturation gratuit pour auto-entrepreneur ?
Shine Facture pour la facturation pure (factures et devis illimités, Plateforme Agréée, mais 5 clients maximum en gratuit) ; Henrri si votre base clients est plus large ; Abby Basique ou Indy Essentiel si vous voulez un gratuit qui inclut aussi le livre des recettes ou un compte pro.
Quelle mention TVA un auto-entrepreneur doit-il mettre sur ses factures ?
En franchise en base de TVA, la mention « TVA non applicable, art. 293 B du CGI » est obligatoire sur chaque facture, qui est alors émise hors taxe. Si vous dépassez les seuils de la franchise et devenez redevable, vos factures doivent afficher les taux et montants de TVA ainsi que votre numéro de TVA intracommunautaire. Les mentions complètes sont listées sur service-public.gouv.fr.
Quel logiciel gère la déclaration URSSAF en plus des factures ?
Abby (dès le plan Start, 9 € HT/mois en annuel) et Indy (plan Premium, 15 € HT/mois) calculent les cotisations à partir du chiffre d’affaires encaissé et télétransmettent la déclaration à l’URSSAF. Shine Facture et Henrri ne couvrent pas ce volet ; Freebe propose un accompagnement à la déclaration.
Excel ou Word suffisent-ils encore pour facturer en 2026 ?
C’est légal aujourd’hui, mais de moins en moins tenable : la numérotation chronologique et les mentions obligatoires sont sources d’erreurs manuelles, et surtout l’obligation d’émettre des factures électroniques via une Plateforme Agréée (1er septembre 2027 pour les TPE) rendra le document bureautique inutilisable en B2B. Autant migrer dès maintenant vers un outil gratuit conforme.
Faut-il choisir un logiciel Plateforme Agréée (PA) dès maintenant ?
C’est le choix le plus prudent. Abby, Shine et Indy sont immatriculés PA et incluent l’e-facturation sans surcoût dans leurs plans gratuits ; Henrri s’appuie sur la PA de Pennylane. Choisir aujourd’hui un outil non raccordé, c’est s’imposer une migration de plus d’ici l’échéance d’émission de 2027. Pour savoir dans quelle situation vous êtes exactement, voyez notre guide du logiciel de facturation électronique conforme.
